利用 OpenACC 实现顶级基因组应用的 GPU 加速 有助于加快开发出拯救生命的药物

 

 

"DNADist" 软件轻松实现 16 倍速度提升， 可帮助 Roche 和其它医药公司加快药物研究

2012 年 8 月 6 日 — 中国上海 — NVIDIA® (英伟达™) 公司今天宣布，OpenACC 编程标准让中国研究人员能够大幅加速 DNADist 基因组应用程序(1)，研究人员在寻找遗传疾病治疗方法的初期阶段使用该应用程序，这些遗传疾病包括唐氏综合症、血友病、囊胞性纤维症以及镰状细胞疾病等等。

利用 CAPS 公司 OpenACC 编译器，上海交通大学和 CAPS公司 研究人员仅仅通过在应用程序代码中增加了四个简单的提示，即所谓的“指令”，便在一台 NVIDIA® Tesla® GPU 系统上令 DNADist 应用程序加速了 16 倍。

DNADist 是一款距离矩阵应用程序，用于研究进化史上各个物种之间的遗传关系，该应用程序让研究人员能够读取核甘酸序列，进而从定序的 DNA 数据中提取信息，此举有可能让人们能够更好地了解遗传流行疾病的原因和治疗方法。加速 DNADist 应用程序让研究人员能够大幅扩大研究输入数据的范围、在疾病治疗研究过程中更早地获得可付诸实际行动的信息。

OpenACC 是一种利用指令的并行计算编程标准，该标准旨在让全球数以百万计的研究人员能够轻松利用 GPU 计算的强大能力。 它为用户提供了最简单的方式，无论用户是否具备大量并行编程专业技术，均可在数小时之内运用自己熟悉的编程模型来加速研究工作。

OpenACC 和 GPU 加速的威力让 Roche 惊叹不已
只需极少的工作即可迅速可实现改变行业面貌的应用程序加速，OpenACC 让 Roche 这样全球领先的医药公司能够以更具性价比的方式更快地研究、找出和开发出更有效的药物。

Roche 医药全球信息项目总监 Steve Pan 表示：“OpenACC 能够如此迅速而轻松地为 DNADist 释放 GPU 加速能力，这让我感到震惊。DNADist 是我们顶级关键的应用程序之一。 GPU 的潜在影响是无法估价的，因为只要我们的产品能够更快地上市，即便仅仅是提前一天，也会拯救更多生命。”

NVIDIA® Tesla® 事业部高级总监 Sumit Gupta 指出：“想要从浩繁的可用 DNA 定序数据中提取有意义的信息，需要依赖不断增长的计算能力。 OpenACC 让研究人员能够快速而轻松地利用 GPU 加速器的巨大性能，来分析海量的基因数据。这样能够大幅缩短研究生物系统所需的时间，有可能会让研究人员开发出更有效的下一代药物。”

目前有大量研究人员和工程师正在运用支持 OpenACC 的编译器和 CPU/GPU 混合型计算系统来加速各类应用程序，而且研究人员和工程师数量仍在不断增长。涉及的应用程序包括 CAD/CAM、图像处理、材料科学、分子动力学以及量子化学等等。 在很多情况下，用户报告，仅仅用了短短几个小时的时间，便已实现高达 5-10 倍甚至更高的速度提升。

展示 OpenACC 和 DNADist 的网络研讨会 – 2012 年 9 月 6 日
CAPS 公司将于 2012 年 9 月 6 日星期四开办一场免费的公开网络研讨会，为参与者讲解 OpenACC 使用案例和最佳实践，详细介绍 DNADist 应用程序的加速。如需了解更多信息或如需报名参加，敬请访问 https://www2.gotomeeting.com/register/668751466。

关于NVIDIA® Tesla® GPU
NVIDIA® Tesla® GPU 是基于NVIDIA® CUDA® 并行计算平台的大规模并行加速器。 NVIDIA® Tesla® GPU 完全专为节能的高性能计算 (HPC)、计算科学以及超级计算而设计，与仅使用 CPU 的做法相比，能够大幅加速一系列科学与商业应用程序。
如需了解有关 NVIDIA® Tesla® GPU 的更多信息，敬请访问 NVIDIA® Tesla® 网站。 如需了解 NVIDIA® CUDA® 的更多信息或如需下载最新版本，敬请访问 CUDA 网站。如需查看更多 NVIDIA® (英伟达™) 新闻、公司和产品信息、视频、图像以及其它信息，敬请访问 NVIDIA® (英伟达™) 新闻中心。

关于 NVIDIA® (英伟达™) 公司
1999 年，NVIDIA® (英伟达™) 公司 (纳斯达克代码: NVDA) 发明了图形处理器 (GPU)，让全世界重新认识了计算机图形的威力。现在，从智能手机到超级计算机，NVIDIA® (英伟达™) 的处理器已广泛应用于各种各样的产品。手机、平板电脑以及汽车信息娱乐系统均采用 NVIDIA® (英伟达™) 的移动处理器。PC 游戏玩家利用 GPU 来享受令人叹为观止、身临其境的游戏世界。专业人士利用 GPU 来打造 3D 图形和电影中的视觉特效、设计包括高尔夫球棒与大型喷气式客机在内的各种解决方案。研究人员利用 GPU 所实现的 高性能计算 来推动科学技术进步。NVIDIA® (英伟达™) 公司拥有 5,000 多项已发布、已批准或已备案专利，其中涵盖了关乎现代计算之根本的诸多理念。如需了解更多信息，敬请访问 www.nvidia.cn。

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1 DNADist 是 Phylip (PHYLogeny Inference Package) 开源软件包的一部分，这些软件程序为生物科学领域 (主要是种系发生学科) 的学术人员所采用。 来源: //en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP

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